ข้อโต้แย้งประการหนึ่งที่มีต่อซอฟต์แวร์การเข้ารหัสลับแบบโอเพนซอร์สคือมีความปลอดภัยน้อยกว่าซอฟต์แวร์ลิขสิทธิ์เนื่องจากใครๆ ก็สามารถมีส่วนร่วมได้ อย่างไรก็ตาม เรื่องนี้ไม่ได้เป็นเช่นนั้น

นอกเหนือจากค่าใช้จ่ายที่ลดลงและความยืดหยุ่นที่เพิ่มขึ้น โครงการโอเพนซอร์สยังมีความโปร่งใสมากกว่าเกี่ยวกับช่องโหว่ต่างๆ เนื่องจากซอร์สโค้ดสามารถเข้าถึงได้แบบสาธารณะ ด้วยลักษณะที่เป็นระบบเปิด ทุกคนในชุมชนจึงสามารถตรวจหาและแก้ไขข้อบกพร่องด้านความปลอดภัยได้ก่อนที่ข้อบกพร่องเหล่านั้นจะกลายเป็นภัยคุกคามร้ายแรงต่อชุมชนในวงกว้าง  

หากเป็นนักพัฒนา ก็สามารถตรวจสอบรหัสด้วยตัวเอง ทำการแก้ไข และกระทั่งเผยแพร่ซอฟต์แวร์เวอร์ชันที่กำหนดเองได้ โครงการโอเพนซอร์สช่วยให้ผู้ที่มีความเชี่ยวชาญด้านเทคนิคสามารถแก้ไขรหัสที่เสียหายได้ ในขณะที่สำหรับซอฟต์แวร์ลิขสิทธิ์ จะมีเพียงผู้จำหน่ายหรือบริษัทเท่านั้นที่สามารถตรวจสอบและอัปเดตได้ ส่งผลให้ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สมักมีความน่าเชื่อถือและปลอดภัยกว่าซอฟต์แวร์ลิขสิทธิ์

แม้ว่าซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สจะเปิดให้ทุกคนสามารถเข้ามาแก้ไขได้ แต่นั่นไม่ได้หมายความว่าจะมีการยอมรับการแก้ไขทุกรายการ ซึ่งอาจทำให้เครื่องมือมีคุณภาพต่ำได้ ในความเป็นจริง โครงการโอเพนซอร์สส่วนใหญ่ใช้กระบวนการทำงานที่นักพัฒนาหลักหรือกลุ่มนักพัฒนาจะต้องลงความเห็นอนุมัติสำหรับการเปลี่ยนแปลงทั้งหมดที่เกิดขึ้นกับรหัส โครงการโอเพนซอร์สหลายโครงการผ่านการตรวจสอบการรับประกันคุณภาพเช่นเดียวกับโครงการระบบกรรมสิทธิ์ เนื่องจากต้องผ่าน การตรวจสอบและทดสอบรหัส รวมถึงปฏิบัติตามแนวทางปฏิบัติที่สอดคล้องกัน(หน้าต่างใหม่) 

โครงการโอเพนซอร์สรายล้อมไปด้วยชุมชนนักพัฒนาและอาสาสมัครที่กระตือรือร้นและมีความสนใจร่วมกันในการสร้างสรรค์ผลิตภัณฑ์คุณภาพสูง ยิ่งชุมชนมีขนาดใหญ่เท่าใด ก็ยิ่งมีโอกาสที่จะพบวิธีแก้ปัญหาที่กำลังเผชิญอยู่มากขึ้นเท่านั้น โครงการโอเพนซอร์สส่วนใหญ่มีฟอรัมเฉพาะสำหรับให้ผู้ใช้สามารถโพสต์คำถามและแก้ไขบั๊กผ่านการระดมความคิดของกลุ่มคน

เมื่อโครงการเป็นแบบโอเพนซอร์ส ก็สามารถตรวจสอบประวัติเวอร์ชันเพื่อให้ทราบถึงระยะเวลาที่ใช้ในการแก้ไขบั๊กและรับการอัปเดตได้ นอกจากนี้ บริษัทเทคโนโลยีหลายแห่งยังใช้รหัสโอเพนซอร์สในโครงการของตนเอง ซึ่งถือเป็นการยืนยันความเชื่อมั่นที่แข็งแกร่งสำหรับการสนับสนุนอย่างต่อเนื่องแก่องค์กรโอเพนซอร์สขนาดใหญ่ 

การเปิดซอร์สโค้ดช่วยให้ทุกคนสามารถตรวจสอบได้โดยตรงว่าคุณสมบัติการเข้ารหัสลับได้รับการติดตั้งอย่างถูกต้องและไม่มี ประตูลับ แฝงอยู่ภายใน และยังสามารถว่าจ้างบริษัทรักษาความปลอดภัยที่เป็นบุคคลที่สามเพื่อดำเนินการตรวจสอบอย่างอิสระได้อีกด้วย  

การเข้ารหัสลับแบบโอเพนซอร์สช่วยให้บุคคลทั่วไป นักพัฒนาที่มีประสบการณ์ และผู้เชี่ยวชาญด้านวิทยาการรหัสลับสามารถเรียนรู้เกี่ยวกับอัลกอริทึมที่ใช้ วิธีการทำงาน ตลอดจนชี้จุดบกพร่องและช่องโหว่ที่อาจเกิดขึ้นได้ ความโปร่งใสนี้ทำให้สามารถแก้ไขบั๊กได้อย่างรวดเร็วและประเมินความปลอดภัยของแอปพลิเคชั่นได้อย่างอิสระ ซึ่งส่งผลให้มีความเป็นส่วนตัวที่ดียิ่งขึ้น